A juíza Carla de Almeida Maia,do Ceará acatou uma liminar do MPF (Ministério Público Federal) sob o argumento de que o erro na impressão das provas prejudicou os estudantes - O erro de impressão estava presente em aproximadamente 21 mil provas amarelas que tinham questões repetidas, páginas duplicadas e em branco.
A Justiça entendeu ainda que o problema não será resolvido com a solução apresentada pelo Inep, de reaplicar a prova para o grupo de estudantes prejudicados - cerca de 2.000. A realização de novos exames colocaria todos os candidatos que irão refazer o Enem em condição de desigualdade com os outros.
A decisão afeta o Enem em todo o Brasil. A Justiça diz ainda, na nota sobre a decisão, que o fato de o presidente do Inep cogitar a realização de provas separadas para o mesmo concurso "confirma o total desconhecimento de princípios que informam os concursos públicos, entre os quais a igualdade para todos participantes".
O MEC (Ministério da Educação) no entanto, afirma que a preocupação da juíza em relação à igualdade de condições entre os candidatos do Enem está assegurada pelo uso da TRI (Teoria de Resposta ao Item), uma ferramenta baseada em cálculos matemáticos que escolhe as questões que formarão a prova.
O mecanismo garante que os exames terão a mesma dificuldade, por isso não haveria problemas na reaplicação do Enem em outras datas para grupos de alunos prejudicados. A prova, inclusive, foi reaplicada em 2009 para estudantes do Espírito Santo prejudicados pela chuva.

