O Pantanal oferece ao visitante uma variedade de paisagens abertas povoadas por grandes populações de animais, cuja alimentação depende da fase aquática. Assim, nas lagoas, a microflora e a microfauna permitem o desenvolvimento de ricas populações de caramujos aruas (Pomacea, Marisa e outros) e de conchas (Anodontides, Castalia e outras), que sustentam uma variedade de predadores destes moluscos, como aves e répteis.

Os inúmeros cardumes de pitu (Macrobrachium) e as várias espécies do caranguejo (Trichodactylus, Dilocarcinus e outros) possuem importância econômica indireta: servem de iscas para os pescadores. Entre os peixes abundantes, há o corumbatá, o pacú, o cascudo, o pintado, o dourado, o jaú e as piranhas.

Entre os comedores da vegetação aquática destacam-se as grandes populações de capivaras (Hydrochaeris, hydrochaeris) e de búfalos. O cágado (Platemys) é também vegetariano. A ariranha (Pteronura brasiliensis), importante predador piscívoro, outrora abundante, foi quase exterminada pelos caçadores. Destino semelhante pode ter o jacaré (Caiman crocodilus yacare), dizimado pela caça ilegal dos últimos anos.

Os jacarés têm papel importante nas águas pantaneiras, onde funcionam como predadores "reguladores" da fauna piscícola e, às vezes, como agentes relevantes da ciclagem de nutrientes.

Onde há muitos jacarés são encontradas poucas piranhas. Quando os jacarés são dizimados pela caça indiscriminada dos "coureiros", a população de piranhas agressivas aumenta em detrimento de outras espécies de peixes, podendo chegar a ser perigosa até para os seres humanos.

Outro importante predador aquático e semi-terrestre é a sucuri (Eunectes notaeus), cobra injustamente perseguida pelos pantaneiros. As cobras são escassas no Pantanal, principalmente nas áreas inundáveis. Mas há cobras d'água (Liophis, Helicops), jararacas (Bothrops neuwiedii) e boipevaçu (Hydrodynaste gigas).

As aves do Pantanal são um de seus maiores atrativos. Reunidas em enormes concentrações, exploram os recursos alimentares aquáticos. O tuiuiú (Jabiru mycteria), a cabeça-seca (Mycteria americana) e o colhereiro (Ajaia ajaja), além das garças biguás e patos são os mais vistosos.

Muitas espécies nidificam em áreas comuns, sobre determinadas árvores, conhecidas como ninhais, que se destacam na paisagem pantaneira. Um espetáculo admirável é acompanhar as aves, ao anoitecer ou ao amanhecer, aos dormitórios à beira dos rios, onde passam as noites.

Aves típicas do Pantanal são também o aracuã-do-pantanal (Ortalis canicollis), a arara-azul (Anodorhyncus hyacinthinus), que corre o risco de extinção, o periquito de cabeça preta (Nandayus nenday).

O pequeno cardeal (Paroaria capitata) é ave característica deste ecossistema. A enorme abundância de aves de rapina, especialmente o caracará (Polyborus), refletem a riqueza da presa animal. O gavião caramujeiro (Rosthramus sociabilis) alimenta-se de moluscos.

Animais típicos do cerrado também se concentram em grande número no Pantanal, atraídos pela fartura de alimentos das áreas alagadas. São estas espécies que aparecem esparsas em outras áreas do continente.

O cervo-do-pantanal (Blastocerus dichotomus), comum nas ricas pastagens úmidas, pode ser visto acompanhado por mais duas espécies de cervos do cerrado e por outros mamíferos, como o cachorro-vinagre (Speothus vinaticus), a anta (Tapirus terrestris), o caitetu (Tayassu tajacu) e a paca (Agouti paca). Encontram-se lá, ainda, o lobo-guará (Chrysocyon brachyurus) e o tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla), caçados intensamente.

Entre os primatas, o macaco-prego (Cebus apella) vive ali, ao lado do bugio (Alouatta caraya). Porcos monteiros, descendentes de suínos domesticados, também proliferam em meio à vegetação pantaneira densa. Assim como a onça (Panthera onca), vários outros felinos são atraídos pela abundância de presas.

O predador de topo na beira das águas é a onça-pintada, junto a outros felídeos e canídeos. Entre as aves, a ema (Rhea americana) e a seriema (Cariama cristata) são típicos habitantes do cerrado. Naturalmente, a rica fauna oferece muitas oportunidades para as aves de rapina e para os comedores de carcaças.

As paisagens abertas do Pantanal facilitam o recenseamento aéreo das populações de grandes vertebrados. Estima-se, por exemplo, que existam hoje 10 milhões de jacarés, 600 mil capivaras, mas somente 35 mil cervos-do-pantanal.

As Enchentes no Pantanal

A diferença de nível das águas entre as estações de seca e de cheias é em média de apenas quatro metros, mas, devido à pouca declividade, a maior parte do Pantanal pode ficar alagada. Nos anos de grandes cheias, as águas ultrapassam o nível dos seis metros.

Nestas ocasiões, as águas de rios como Paraguai, Cuiabá, São Lourenço, Taquari e Miranda, assim como seus inúmeros afluentes, saem de seus leitos e inundam enormes áreas. Estas formam uma densa rede de lagoas, baías e baixadas alagadas, interligadas por cursos de águas perenes - os corixos - ou efêmeras.

Somente os terrenos altos, chamados cordilheiras, além de poucas ilhas e locais mais elevados, escapam à inundação. Alguns morros isolados de rocha pré-cambriana, os "inselbergs", sobressaem-se entre os pântanos. Um destes é o Morro do Azeite, às margens do Rio Miranda.
 

Quando as águas voltam ao normal, várias baías e lagoas permanecem, enquanto outras secam. Uma rica vegetação de ervas espalha-se pelas baixadas, aproveitando a camada de lodo nutritivo deixada pela inundação.

Existem também pequenas baías de água salgada. Em cada ciclo de precipitação-evaporação, os sais minerais acumulam-se, resultando em certa salinização dos solos e de algumas baías. A gradativa evaporação das águas nas lagoas é marcada por anéis brancos de depósitos de sal de soda (carbonato de sódio). A concentração de sais nestas baías, em locais como a região de Nhecolândia, chega a ser próxima àquela das concentrações marinhas.