O difícil acesso protegeu até recentemente o Pantanal do impacto humano, e somente nas últimas décadas este começou a ser explorado por caçadores de peles de ariranha e de jacaré. Hoje em dia, a caça ilegal e o contrabando de peles de jacaré estão, de maneira geral, sob controle, e as fazendas de criação de jacarés estão se multiplicando.

A caça desordenada dos veados, das capivaras e dos baguás, animais considerados transmissores de doenças, das aves piscívoras e granívoras, das cobras e das onças, constitui perigo direto para a diversidade biológica regional.

A pesca comercial do Pantanal tornou-se um problema ambiental sério, com a chegada dos barcos e dos caminhões frigoríficos. Até a pesca esportiva, cada vez mais intensa, precisa de fiscalização severa.

Este é o caso principalmente nos meses da piracema, quando as fêmeas sobem os rios até as cabeceiras, tornando-se presas fáceis. Existem cotas individuais por pescador amador, porém o número de pescadores turistas aumenta com a crescente facilidade de acesso ao Pantanal.

Desde meados dos anos 70, intensificou-se no Pantanal a economia agropecuária. Hoje, com cerca de 4 milhões de cabeças de gado, a região tornou-se importante produtora de carne. De maneira geral, a cultura do gado não é considerada prejudicial ao ambiente.

A imprevisibilidade das grandes enchentes, no entanto, limita o tamanho dos rebanhos e os mantém dentro dos limites de uma economia ecologicamente sustentável. Na ausência de outros mamíferos pastadores, além dos poucos cervídeos, os bois Nelore não são competidores da fauna original. Eles se tornaram parte integral da paisagem pantaneira.

As culturas de arroz, cana-de-açúcar e soja prejudicaram o ambiente pantaneiro. Barragens, canais e aterros que drenam terrenos para a agricultura, além do desmatamento do cerrado, levam ao assoreamento de rios, como o Taquari, e interferiram na piracema. Ultimamente, várias ervas exóticas são espalhadas por semeadura aérea, tais como a Brachiaria africana, para aumentar o rendimento do pasto.

O Pantanal é uma grande bacia de captação e evaporação de águas e vários cuidados devem ser tomados para preservá-lo da poluição. Um exemplo é o que ocorre com o mercúrio utilizado na lavagem de ouro pelos garimpeiros do rio Poconé: seus sais tóxicos acumulam-se nas baías em quantidades cada vez maiores; os peixes espalham o mercúrio e a taxa deste metal prejudicial à saúde, nos tecidos dos peixes do Pantanal, aumenta a cada ano. O vinhaço das usinas de álcool do Mato Grosso e a poluição na metrópole de Cuiabá acumulam-se também nesta grande bacia de sedimentação.

Um dos grandes perigos ambientais para o Pantanal inteiro é o projeto da hidrovia, planejada conjuntamente pelo Brasil, Bolívia, Paraguai e Argentina. Para facilitar o acesso da navegação marinha e fluvial até Cáceres, no Alto Rio Paraguai, a calha do rio deverá ser aprofundada, os meandros, cortados, e o contato entre o rio e os pântanos, restringido por diques.

Para garantir a saúde desse ecossistema é fundamental manter e ampliar suas áreas preservadas. Existem, atualmente, uma pequena Estação Ecológica, a da ilha de Taiamã, e o Parque Nacional do Pantanal. A fiscalização destas imensas áreas é difícil, principalmente pela falta de recursos financeiros e de pessoal adequado.

Uma atividade promissora e compatível com a sobrevivência desse ambiente único é o chamado turismo ecológico. A rodovia Transpantaneira, parcialmente completa, assim como a estrada Miranda-Corumbá, facilitam o acesso de milhares de turistas e possibilitam o desfrute da riqueza faunística e paisagística do Pantanal.

A indústria turística é um meio de despertar o interesse dos pantaneiros pela sobrevivência da fauna e flora da sua região. O crescente número de fazendas turísticas e de pousadas constitui bom exemplo de integração entre o turismo e a preservação ambiental do ecossistema.

As terras alagadas, no mundo inteiro, são sempre ricas em fauna. No caso especial do Pantanal, a vizinhança com a Amazônia e as características do meio físico o tornam uma das áreas de maior valor turístico e ecológico do Brasil. Atividades como criação de gado, capivaras ou jacarés são compatíveis com a preservação da área.

Por outro lado, a ação de garimpeiros e iniciativas individuais que alteram a ecologia da paisagem, por meio da drenagem de pântanos e aterros extensos, entre outros, impossibilitam a manutenção da fauna e da flora abundantes e do potencial turístico. Considerado um dos paraísos terrestres, é de fundamental importância a manutenção e ampliação de suas áreas preservadas.