Embora os fungos sejam tradicionalmente estudados em Botânica, eles formam uma linha evolutiva independente das plantas; aliás, a comparação de seqüências de RNA ribossômico, mostra que eles são mais relacionados aos animais. Atualmente, enquadram-se no Reino Fungi (ou Eumycota).

Os fungos não formam tecidos verdadeiros e são extremamente simples, podendo ser unicelulares (levedos, como o Saccharomyces) ou filamentosos.

Nos fungos constituídos de filamentos, o conjunto de filamentos que compõem o talo é denominado micélio e as unidades individuais são as hifas, que podem ser cenocíticas (sem septos transversais, com núcleos dispersos) ou septadas (com septos transversais); estas últimas podem ter um núcleo haplóide ou dois núcleos pareados sendo, portanto, diplóides.

O micélio pode ser classificado em prosênquima (quando se distingue perfeitamente sua estrutura filamentosa) e pseudoparênquima (quando essa estrutura não pode ser reconhecida, lembrando um tecido parenquimático, como o das plantas).

Os fungos costumam ser agrupados entre os vegetais por seus mecanismos reprodutivos, embora muitas vezes apresentem características como parede celular, como as plantas (porém, esta é composta de quitina, ao invés de celulose), e sua substância de reserva seja o glicogênio (ao invés do amido, característico dos vegetais).

Além disso, não possuem clorofila ou outro pigmento fotossintético e, portanto, são heterotróficos. Sua nutrição se dá por absorção. O micélio se espalha sobre o  hospedeiro, secretando certas enzimas que decompõem as moléculas do substrato em moléculas menores; os produtos solúveis são absorvidos pelas hifas.

A reprodução pode ser :

a) vegetativa, ocorrendo por: gemação ou brotamento, fissão (divisão transversal, seguida pela separação das células filhas) ou  fragmentação das hifas.
b) espórica (assexuada): os fungos terrestres produzem esporos do tipo aplanásporos, no interior de esporângios (endósporos) ou na extremidade de esporangióforos (exósporos - ex. conídios).
c) gamética (sexuada): é a menos comum, mas é importante para a variabilidade genética. Envolve isogamia e heretogamia. Gametângios masculinos e femininos podem ocorrer em indivíduos distintos, chamados heterotálicos (sexos separados) ou em um único, chamados homotálicos. A fertilização pode se dar por diversas formas:
c.1) conjugação de planogametas - união de gametas móveis.
c.2) espermatização - o gameta feminino permanece no talo (micélio) e o masculino se desprende, aderindo-se ao feminino.
c.3) somatogamia - contato entre as hifas somáticas.
c.4) conjugação de gametângios - fusão de gametângios diferenciados.

Além do papel de decompositores, o grupo inclui os fermentos, os bolores, as trufas, e os antibióticos.

Ocorrem nos mais variados ambientes, tanto aquáticos, quanto terrestres; esporos muito resistentes são comuns no ar, podendo ser coletados numa placa de petri com meio de cultura adequado exposto por alguns segundos. Embora a temperatura ideal para seu desenvolvimento esteja entre 20 e 30°C, alguns suportam temperaturas próximas a 200°C. O PH ideal é o ácido, ao contrário do que acontece com as bactérias, que se adaptam melhor ao PH alcalino.

Nos atuais sistemas de classificação, o reino Fungi engloba quatro filos: Chytridiomycota (predominantemente aquáticos, com hifas cenocíticas e células reprodutivas móveis flageladas), Zygomycota (a maioria tem micélio cenocítico; formam esporos de resistência sexuados, os zigósporos), Ascomycota (com hifas septadas e caracterizados também pela presença de uma estrutura saculiforme de origem sexual e meiótica , o asco, que contém ascósporos) e Basidiomycota (representados pelos populares cogumelos, caracterizam-se pela presença de hifas septadas com doliporo e pelo basídio, estrutura produzida no ápice de uma hifa dicariótica; é a estrutura onde ocorre a meiose e contém basidiósporos)

Deuteromicetos

São os chamados fungos conidiais. Não podem ser incluídos em nenhum dos filos citados, pois formam um conjunto artificial de cerca de 15.000 espécies, nas quais somente a reprodução assexuada é conhecida. Embora o estádio sexuado de alguns representantes de dois gêneros (Penicillium e os Aspergillus) seja conhecido, eles são incluídos entre as outras espécies destes gêneros, pela semelhança morfológica com as outras espécies.

São conhecidos como fungos ou bolores que crescem em grande variedade em substratos orgânicos úmidos, como os alimentos em geral, como frutas, arroz, feijão, etc.

Algumas espécies de Penicillium são responsáveis pela produção de penicilina ou queijos; outras produzem micotoxinas (aflatoxinas) em grãos mal estocados. Esse gênero também está presente na produção industrial de ácido cítrico e saquê.