A partir daí o movimento ampliou-se. A luta generalizou-se por toda a Província. Por onde passava, Raimundo ia conseguindo que mais gente o seguisse, inclusive os escravos negros, que formaram quilombos, dos quais o mais importante foi o comandado pelo negro Cosme. À frente de 3 mil escravos rebelados, Cosme, um antigo escravo, que se intitulava "Imperador, Tutor e Defensor das Liberdades Bem-te-vis", vendia títulos e honrarias a seus seguidores.

Em 1839, os balaios tomaram a Vila de Caxias, "a segunda cidade da Província em importância". Pelas ruas da Vila ouvia-se:

"O Balaio chegou!

O Balaio chegou.

Cadê branco!

Não há mais branco!

Não há mais sinhô!"

Os rebeldes organizaram-se em um Conselho Militar e formaram uma Junta Provisória, com a participação de elementos bem-te-vis da cidade. Uma delegação foi enviada à capital, São Luís, para entregar ao presidente da Província as propostas para a pacificação: anistia para os revoltosos, revogação da "lei dos prefeitos", pagamento das forças rebeldes, expulsão dos portugueses natos e diminuição de direitos aos naturalizados e instauração de processo regular para os presos existentes nas cadeias.

No entanto, o movimento, apesar de ter atingido a parte mais importante da Província, chegando mesmo a ameaçar São Luís, entrou em rápido declínio. Sem unidade, com muitas divergências entre seus chefes, sofreu ainda o afastamento dos bem-te-vis, que após tentarem tirar vantagens do movimento, dele se afastaram, aderindo à reação, com medo da radicalização das camadas mais pobres da população, que assumiram a liderança da revolta.

Não aceitando as exigências dos balaios, o Governo provincial solicitou ajuda ao Rio de Janeiro. Em 1840, o Coronel Luís Alves de Lima e Silva, futuro Barão de Caxias, é nomeado para a presidência da Província, acumulando o comando das armas. À frente de 8 mil homens, e aproveitando-se habilmente das rivalidades entre os líderes balaios, Caxias em pouco tempo sufocou o movimento.

No ano seguinte, em 1841, um decreto imperial concedeu anistia aos revoltosos sobreviventes. Ao entregar o Governo do Maranhão a seu substituto, em 13 de maio de 1841, Caxias dizia: "Não existe hoje um só grupo de rebeldes armados, todos os chefes foram mortos, presos ou enviados para fora da Província..."

A repressão à Balaiada marcou o início da chamada "política da pacificação", pela qual Caxias sufocou as agitações que ocorreram durante o Império.